但说起魏学曾，与张居正有一段过节。魏学曾与张居正同岁（即1525年生人），但考中进士要晚好几年。
张居正担任次辅时，也就是高拱担任首辅时，魏学曾担任吏部左侍郎，是高拱的左臂右膀。高拱很重用他。
然而时运不济，隆庆皇帝（高拱是他的老师）英年早逝，高拱这个老师自然就不得宠了，加上高拱性格又比较刚烈，结果被李太后陈太后罢黜了。，当时朝野震惊。
《明史》中有这样一段话：“穆宗崩，大学士高拱欲去冯保，属言官论劾。学曾遗书大学士张居正曰：`外人皆言公与保有谋，遗诏亦出公手。今日之事，不宜复护此阉。`居正怒。及拱被逐，举朝失色，学曾独大言曰：`上践阼伊始，辄逐顾命大臣，且诏出何人，不可不明示百官。`要诸大臣诣居正邸争之，诸大臣多不往……”
简单翻译一下。
就是说隆庆皇帝死后，高拱想驱逐冯保，指使言官弹劾冯保。魏学曾作为高拱的第一号粉丝提醒张居正：“外面的人都说你与冯保联盟，遗诏也是出自你们之手，眼下高拱要对付冯保，你不宜再庇护冯保这个太监了。”
张居正很生气。
本以为高拱会胜，结果高拱被罢黜回籍，朝中没有一个人敢吱声，唯独魏学曾站出来质问张居正：“新皇（万历皇帝）刚登基不久，就驱逐顾命大臣（隆庆皇帝驾崩时，顾命大臣四个：高拱、张居正、高仪、冯保），且遗诏到底出自何人，要给文武百官交代明白。”不仅当面质问张居正，还要率领文武百官去张居正府邸争个明白，可其他大臣都不敢去。
张居正更是生气。
两人结仇很深。魏学曾的结局可想而知，自然卷铺盖回家了。
张居正“病逝”后，万历皇帝为了清算张居正，起复的一大批官员当中就有魏学曾，时任南京户部右侍郎。
南京的官员虽然多是闲职，但至少也算储备官员，而且是三品大员，随时都有被调到北京的可能。
后来也被历史证明了。
但张居正与魏学曾之间的“仇”当世人皆知，后来魏学曾是王锡爵提拔推荐上去的，起用他担任兵部尚书，并总督陕西、延、宁、甘肃军务。
这时候张居正居然不计前嫌，提前想到重用“仇人”魏学曾。
朱翊镠当然深感诧异。
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