了解了商毅的用意之后，其他人也就都释然了，其实在中国古代，这种撕毁和约的事情发生过很多次，汉族也有，而异族也有，只要是最后能够获得胜利，基本就不会有人说什么,相反还会受到赞扬，因为胜利者都不该被指责的，在这方面，中国人其实也相当然的现实。因此众人也对商毅的意见也没有异议，周世奇立刻下令榷场方面，先挽留清廷的商团，然后再准备安排人选，拟定自己的条件，去和清廷的代表会谈。
别的事情说完之后,李格非出列，神色凝重道：“王爷，马尼拉那边，好像出事情了。”
商毅怔了一怔，道：“马尼拉出了什么事情，难道是干糸腊人禁止通航了吗？这不大可能吧。”
和直通日本不一样，南京地区和菲律宾的通航进行得十分顺利，因为在马尼拉本来有大量的侨民定居，而且还有许多经常来往马尼拉的中国商人，因此华人在当地都有一定的势力。另一方面加上现在商毅大力支持海外贸易的发展，在这次通航的背后实际是有官方的推动作用，有不少菲律宾的华人也希望得到中国本土的支持和保护，因此对这次通航都十分支持。在张庚秋等几个菲律宾华人领袖的带领下，在港口选择，建馆地止、费用、关糸等方面也都发挥了很大的作用。
而在另一方面，现在占领菲律宾的西班牙人也和日本不同，他们更重视贸易，而且西班牙国内年年战火，国库几乎消耗殆尽，全靠这几个海外的殖民地支撑着，而殖民地的收入来源,也主要靠贸易。在中国和马尼拉直接通航之后，当然也是对菲律宾有利的，因此现任西班牙的菲律宾总督迭戈×法多哈×查孔对此也采用默许的态度。
到现在中国和菲律宾通航己有十个多月了，通航之后，双方的贸易量果然大涨，因为现在中国的商品不用经过其他商人的转手，直接运到马尼拉，无论是数量还是种类，都比过去増加了许多，但价值却有所下降，由其是在海外最畅销的丝绸，虽然高级丝绸的价格不维持不变，但中低级的丝绸价值却降了二成多。虽然在通航之后，通过海关运送到马尼拉的商品都是先出售给当地华人，然后再转卖给其人，因此华人也从中受益最大，但西班牙人也获利不小。因此商毅是很熟悉西班牙人的需求，并不认为他们会禁止和中国通航，可能是因为其他事情。
李格非道：“回禀王爷，当然不是通航的事情，而是干系腊人好像又准备对马尼拉的华人动手了。”
商毅听了也不禁大吃了一惊，自己怎么把这一点给忘了，在十七世纪，在马尼拉一共发生了四次比较大规模的华人大屠杀。
第一次发生在一六零三年，事情的起因是一个很偶然的事件，引发了这次马尼拉华人大屠杀
原来在一六零三年的时候，一个叫张嶷的商人，不知是出于什么目地，上书当时明朝的万历皇帝，称：吕宋有一机易山，其上金豆自生。万历皇帝信以为真，下令福建官员前去勘查。西班牙人本就对中国颇为忌惮，何况当然在菲律宾的华侨己达数万之众，势力极尢，因此疑心中国以此为借口，是与菲律宾的华人联络，以便里应外合将西班牙人赶走，因此排华情绪渐浓。
在一六零三年十月三日，不愿坐以待毙的华侨爆发大起义，但由于缺少武器和军事经验，他们仅坚持了四十一天，因北起义很快演变成一场对华侨的大屠杀。在西班牙人的煽动和蒙骗下，包括菲律宾土著、日侨在内的各方力量，都参与到这次屠杀中。据统计，在这次大屠杀中被杀的华侨人数在三到四万之间。
在这一次大屠杀之后，也使中国商人对菲律宾心存恐惧，不在到菲律宾经商，对菲律宾本土经济产生极大的影响，物资匮乏、经济萧条。财政状况严重恶化。同时在菲律宾的西班牙人也但心明朝会报复，因此派遣使臣到中国来周旋澄清。
尽管后来万历皇帝查明了马尼拉大屠杀的真像，但由于当时的明朝国力疲惫，无力举兵征讨菲律宾，同时中国对海外的事务也并不太上心，因此只是不痛不痒的对菲律宾当局写了一份《谕吕宋檄》，也就不了了之。而随着时间的推移，又陆续有商船来往马尼拉通商，马尼拉也逐渐恢复了元气。
从表面上看，引发一六零三年的马尼拉华人大屠杀的原因很偶然，其实西班牙殖民者与当地华侨的积怨是长期积累起来的结果。
因为菲律宾原来本是明朝的藩属，后来被西班牙人强占，因此西班牙人一直都对中国心怀警惕，而菲律宾的华侨人数极多，而且也形成了一股庞大的势力，自然也会引起西班牙殖民者的敌视情绪。另外中国人靠自己的勤劳和智慧，在菲律宾也创造了巨大的财富，这又会引起了殖民者的贪婪，以殖民者凶残的本性，排华、屠华也就会必然发生的。
而明朝的纵容和不做为，也使得西班牙人对菲律宾华侨的欺压更加有恃无恐，于是在后来的一六三九年；一六六二年，一六八六年，又先后发生了三次华人大屠杀事仵，尽管后三次的屠杀规模比第一次小一些，但两次死难的华教人数也都达到了两万人以上。另外在这几次大屠杀事件中，马尼拉的天主教传教士也起了不小的推波助澜作用，因为在马尼拉的传教士眼里，华人都属于异教徒。
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