这时明军搜集了大量民船，准备夺取长山庙岛，断绝叛军去路。又调集了津门、淮海等地的水军五千人前来夹击叛军，从海上完成了对叛军的封锁。
二月十三日，孔有德率军守岛，加强防御。其实是留个后路，准备从海路出逃了。
耿仲明、毛承禄决定收缩部队，放弃大城，全力守卫水城。
二月十六日，耿仲明留部下副将王秉忠守卫水城，自己乘船趁夜色突围跑掉了。
明军进入大城，马上开始进攻水城。
水城南就是大城北，两者城墙之间仅仅相隔了一个夹道。
城头箭炮如雨，战斗空前激烈。
十七日，明军全力攻城，游击刘良佐献永福寺轰城策。
永福寺位于水城外西南角，在寺中藏人，城头上看不见。明军连夜挖城脚为孔，装上火药，从远处引发。当夜午夜爆破成功，城墙倒塌了一个缺口。明军趁势涌入，与叛军展开肉搏。
但是明军纪律太差，其中川兵一边作战，一边抢夺妇女、财物，被叛军抓住机会反击成功，明军又被赶出城外。
这样的拉锯战反复几个来回，结果最先勇敢冲入水城的大明第一个正经武状元王来聘阵亡。
次日，抚军朱大典、监军杨作楫亲自在城头上立马督战，朱大典手斩两个退缩的士兵。明军调集长矛手，枪炮齐发，硝烟弥漫，双方短兵相接，战况空前惨烈。
叛军退保蓬莱阁。朱大典不愿意强攻增大伤亡，于是树招降旗，叛军一千多人弃械投降。叛军将领王秉忠、高成友等75人自缢，投海死者不下四五千人。当天下午，水城被攻下。
接着明军派遣水师与叛军展开逐岛争夺战。战事很快就平息了。
至此，“登州之乱”结束。
如果这次没有李自成介入，登州的事情大概率还会是这个走向。
当然，邓玘的川军已经提前离场，不会在登州劫掠了。
……
想把孔有德救出来几乎是不可能完成的任务——老孔个人跑出来没问题，用不着谁救，人家自己也办得到。但是那样手下没兵没将，对有追求的人来说，比死了还难受。
那李自成能做的只有想办法坑死他，绝对不能让鞑子得到那一万多人。
第一滴冰冷的雨点飘下时，李自成还陷在沉思中不能自拔。弄死孔有德很难啊！
“大统领，下雨了，咱们先去茶馆里坐一坐？”
“哦？”
李自成抬头看了看天，果然阴沉沉，稀稀拉拉有些雨滴落下。
“天要下雨，娘要嫁人……回魏国公府！”
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