就在西北军队在在库车和楼兰对两国军队进行大规模的遣散行动时，第二阶段的谈判也同时拉开了序幕，围绕着联盟政务署的职权范围，与西域诸国政府之间的权责划分，联盟政务署各级官员职位的分配，各国和西北谈判人员展开了长时间的激烈争吵。由于联盟政务署权力的极大压缩了各国政府现有权限，那政务署以及政务署下设部门长官位置的争夺就显得更为激烈，往往一个副处长的职位都要经过半天甚至一天的讨论才能定板，甚至帘内政处下设的审理所和保安局一类位置也成了热门位置，引起了各方势力的垂涎。
联盟税收包括关税问题也是一个争论重点，这涉及到联盟和各国直接经济利益，不过由于无锋的明确表示联盟的税收收入一律归入联盟，由联盟自行安排，不向西北上缴和分成，让几乎所有西域诸国的代表们都松了一口大气，最终通过了效仿西北郡及其下属诸府税收政策意见，而西域与西北、北吕宋、莫特自治领之间的关税则下降到了相同水平。
联合军的控制权问题原本没有什么异议，但在西北表示联合军各级军官均由西域诸国原军队中军官选拔组成后，这又引起了一阵不小的骚动，无数人选的简介和推荐书在最短时间内堆满了凌天放的案头，好在凌天放心中早有人选，倒也不虞其他。
西北军在西域诸国进行的遣散军队行动并不顺利，即使有压倒性的优势，但忠于国主的某些军官仍然不顾一切的拒绝接受遣散，紧接着就掀起了反叛高潮。对此早有准备的西北大军则加强了对国都的控制，对那些敢于挑衅的叛乱军队毫不留情的给予了残酷的镇压。
在楼兰，至少有超过五个千人队以上的军队发动了叛乱，但他们分属几只队伍，面对汹涌而来的西北大军，他们没有任何机会就被碾压成了齑粉。在库车，在第一支反叛军队被残酷镇压后，国主被迫亲自出面安抚，要求被遣散的军队服从统一安排，不得有反叛行动，总而言之，在楼兰和库车的反叛行动并未掀起太大风浪，反倒是给了西北一方清洗镇压敌对势力的借口，到后期甚至有了扩大化的趋势。直到李无锋亲自发布命令要求南北两线的指挥官严格控制肃反范围，不得无限扩大，这场风波才逐渐收场。这甚至引发了辉煌帝国在建立后的一些民事诉讼，当年那些被牵连连坐者的亲属要求帝国中央赔偿当年在西域肃反扩大化活动中给无辜者造成的巨大伤害。
虽然其间发生了种种风波，但对持续进行的第二阶段谈判并未造成太大影响，经过了近十天的协商争论，直到4月8日，关于人事安排的问题才算尘埃落定。西域联盟政务署署长由辞去乌孙国务大臣一职赛波担任，而副署长则出人意料的由辞去楼兰国务大臣的阿布希耶夫担任，其下四个执行机关正副处长职位则分别由五国推荐人选经过西北一方审阅后敲定，西域联合军设立了指挥使一职，由原乌孙国卫军首领呼延虬担任，其下各部属官分别由各国推荐人选经西北一方考察后方任命。政务署隶属西域联盟，独立行使职权，而西域联合军不受政务署领导，直接受西北参谋联席本部指挥，西域联合军指挥使自动成为西北参谋联席本部成员。
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