他师事第五元先后，又从东郡张恭祖学习了《周官》、《礼记》、《左氏春秋》、《韩诗》、《古文尚书》等书，其中除《礼记》和《韩诗》外，均为古文经学的重要典籍。
郑玄向第五元先和张恭祖学习了今古文经学两大学派的重要经籍后，尚不以此为满足，又从陈球受业，学习了《律令》。在此期间，他还以明经学、表节操为目的，游学于幽、并、兖、豫各州，遍访名儒，转益多师，虚心向他们学习，共同探讨学术问题。
读万卷书，行万里路，不辞劳苦，孜孜求道，郑玄的青年时代，就是这样匆忙而充实地过去了，到了而立之年后，郑玄已经成了一名有着较深造诣的经学家，他的学问在中原一带已经可以说首屈一指、无出其右者了。
郑玄虽然已经学富五车，但他自己却毫不满足，当他感到关东（指函谷关以东）学者已经无人再可请教了的时候，便通过友人卢植的关系，离开故国，千里迢迢西入关中，拜扶风人马融为师，以求进一步深造。
马融是当时最著名的经学大师，学问十分渊博，他遍注儒家经典，使古文经学达到了成熟的境地，他的门徒上千，长年追随在身边的就有四百余人，其中优秀者亦达五十人以上。
马融是勋爵门第，为人比较骄贵和讲究，虽然门徒众多，但他只亲自面授少数高材生，其余学生则由这些高材生转相授业。
郑玄投学门下后，三年不为马融所看重，甚至一直没能见到他的面，只能听其高足弟子们的讲授；但郑玄并未因此而放松学习，仍旧日夜寻究诵习，毫无怠倦。
直至有一次，马融和他的一些高足弟子在一起演算浑天问题，遇到了疑难而不能自解，有人说郑玄精于数学，于是就把他召去相见。
郑玄当场很快就圆满地解决了问题，使马融与在场的弟子们都惊服不已，马融对身边的卢植说：“我和你都不如他呀！”自此以后，马融对郑玄十分看重，郑玄便把平时学习中发现而未解决的疑难问题一一向马融求教，对于篇籍的奥旨寻微探幽，无不精研，终得百尺竿头更进一步。
郑玄在马融门下学习了七年，因父母年迈需要归养，就向马融告辞返回山东故里，马融此时已经感到郑玄是个了不起的人才，甚至会超过自己，他深有感慨地对弟子们说：“郑生今去，吾道东矣！”意思是说，由他承传的儒家学术思想，一定会由于郑玄的传播而在关东发扬光大。
从马融那里学成回乡后，郑玄已经四十多岁了，这时他已成为天下著名的精通今古文经学的大师了，于百家之学无所不通；于是远近有数百上千人投到他的门下，拜他为师，听他讲学，当时他家里还很贫穷，便“客耕东莱”，一面种田维持生计，一面教授门徒。
建宁元年，朝廷下诏各州郡查究党人，凡“党人”及其门生、故吏、父子、兄弟现居官位者，一概免职禁锢，发生了第二次“党锢之祸”。
郑玄曾为杜密故吏，受杜密的赏识与提携，所以也被视为党人，于建宁四年和同郡人孙嵩等四十余人俱被禁锢。
郑玄起初从第五元先学习《京氏易》、《公羊春秋》，是属于今文经学派的。后来他又跟张恭祖学习《周官》、《左氏春秋》、《古文尚书》，这是属于古文经学派的，他在马融门下受业多年，而马融乃是古文经学大师。
总的看，郑玄是倾向于古文经学一边的，但是，郑玄并不遵守当时经学中师法、家法那一套，他以自己渊博的学识遍注古文经，注中并不专用古文经学家的释义，同时也采用了许多个今文经学家的解释；即以古文为主，兼采今文，择善而从。
郑玄从四十五岁被禁锢，到了五十八岁才蒙赦令，前后长达十四年，在此期间，他打破了经学的家法，注释与著书“几百余万言”，创立了“郑学”，在经学发展史上做出了无与伦比的杰出贡献。
“郑学”逐渐成为“天下所宗”的儒学，例如，郑玄所注的古文经学费氏《易》流行，而今文经的施、孟、梁邱三家《易》便废止了；郑注《古文尚书》流传，而今文经的欧阳、大小夏侯三家《尚书》便散失了；郑玄笺注了古文经的《毛诗》，而今文经的齐、鲁、韩三家的《诗》也就不显了。郑学的出现，使经学的发展产生了重要的变化，它使经学进入了一个“统一时代”。
若是假以时日，天下仍旧太平下去，那么郑玄不难成为儒家一个继往圣之绝学的在世圣人，成就不会下于儒家一脉孟子，荀子……
不过去年黄巾起义爆发，朝廷被迫大赦党人；解除党禁后，朝廷当政者对郑玄的大名已早有所闻，于是争相聘请他入朝担任要职。
但郑玄为学而不求官，绝不愿涉足仕途，乃屡拒征辟，一心一意从事著书讲学的学术工作，不过执掌朝廷权柄的外戚大将军何进为了笼络人心，首先征辟郑玄入朝为官。
州郡官吏胁迫起行，郑玄不得已，只好入朝去见何进。何进为表示礼贤下士，对郑玄礼敬有加，设几、杖之礼以待之。
此后不久，不等何进用出更多的手段，何进就迅速败亡，京师纷乱而起，郑玄被迫藏身民宅，至杨伊进京，穷搜洛邑不法以及各家死士，郑玄也就这样出现在杨伊面前，被杨伊拜为三上公之一的尚书。
何蜜以为郑玄是何进所请，双方渊源深厚，郑玄也该和他是一派的，以往郑玄在朝堂上也是一眼不法，给了何蜜一个错觉。
此时，听郑玄忽然出来表态；这个老匹夫！何蜜愤怒地一拍座椅，她百般算计拿下马日磾，是显她之威严，以慑群臣，想不到最后竟然让杨伊摘了果子，那么如今打蛇不死以后是要吃亏的。
马日磾可不是什么无背景的人物，为马融之祖孙，伏波将军之后，无论是经学士族还是将门士族，都有不少的渊源，这次不打死他，那么以后就等着报复吧！
“马日磾身为太尉，对朝廷无一益处，当处以极刑，以儆效尤！”
何蜜此时掀开珠帘，站了出来，朝着殿中人一字一字的说着，这是押上了自己太后的脸面。
郑玄当年师承马融，此时自然不能无视，当先走出朝班道：“请太后三思。”
“请太后三思。”
“请太后三思。”
“请太后三思。”
…………
这一片请命声，非是杨伊的那一脉中人，而是以往大多默不作声之人，何蜜却是一片心寒。
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