王允随即将蔡邕收付廷尉治罪，想要杀他。
蔡邕乃当世大儒，满腹才华，在士林之中非常有名望。就连董卓这个出身西凉的武夫，都对他敬重有加，更何况是其他士人？
蔡邕虽然不怕死，但他当时正在撰写《后汉书》，不想半途而废。所以就递上辞表道歉，请求受到刻额染墨、截断双脚的刑罚，以求继续完成汉史。
却不想，王允断然拒绝了蔡邕的请求。
太尉马日磾对王允说：“伯喈旷世逸才，多识汉事，当续成后史，为一代大典。且忠孝素著，而所坐无名，诛之无乃失人望乎？”
王允答道：“昔武帝不杀司马迁，使作谤书，流于后世。方今国祚中衰，神器不固，不可令佞臣执笔在幼主左右。既无益圣德，复使吾党蒙其讪议。”
马日磾退去，而告知众人曰：王允必不能长久于世。有道德的人，是国家的纲纪；写书，是国家的典籍。废弃了纲纪与典籍，他难道还能长久吗？”
依照蔡邕的所作所为，完全符合汉代士大夫的道德观念。董卓虽然令人厌恶，却对蔡邕有着知遇之恩。
若是董卓身死，蔡邕拍手称快，那才会让人瞧不起。
一代大儒，就这样死在狱中。他死的那日，满朝公卿，以及长安士子，全都痛哭流涕，为蔡邕鸣不平。
王允见状，感受到了巨大的压力，追悔莫及。
除此之外，王允在商议是否赦免董卓部曲的问题上，反复无常。
当时吕布就劝他说；“此辈无罪，从其主耳。今若名为恶逆而特赦之，适足使其自疑，非所以安之之道也。”
吕布又想以董卓的财物，赏赐给满朝公卿、将校，好得到他们的支持。但是王允，却是不从。
而且，王允认为吕布是一介武夫，心里非常瞧不起他。常把吕布，当成家中蓄养的剑客。
吕布却认为，这次能够诛杀董卓，他占据了首功，所以常常自夸自擂。王允与吕布之间有了矛盾，自然开始貌合神离。
四月，是个多事之秋。
在王允诛杀董卓的时候，公孙瓒联合刘备、陶谦、单经。让刘备屯高唐，单经屯平原，陶谦屯发干，准备攻打袁绍。
结果，袁绍与曹操联合，大破公孙瓒几人。从此之后，陶谦对曹操怀恨在心。再加上曹操新得兖州，对徐州虎视眈眈，使得陶谦坐立不安。
董卓被杀时，他的女婿牛辅屯兵于陕地。吕布派李肃前去征讨牛辅，被牛辅击败。吕布心中大怒，就斩杀了李肃。
却不料，由于董卓的身死，牛辅营中军心大乱，不少士兵半夜背叛出逃，造成内乱。
牛辅以为整营皆叛，于是带着金银珠宝，独与亲信胡赤儿等五六人出逃。胡赤儿等人谋财害命，于途中将其斩首送往长安。
吕布却恼怒胡赤儿卖主求荣，将他斩首示众。牛辅这一路的叛军，就这样被平定了。
五月，李傕、郭汜，以及董卓一些以前的部曲，见董卓身亡，就向朝廷上表请降，希望朝廷能够赦免他们的罪过。
王允却是执意要杀掉他们，几人就在贾诩的建议下，散播谣言，说王允要斩杀所有的凉州军。凉州军闻言，顿时人心惶惶。
李傕等人，趁机鼓动众人反叛，带兵围困长安。
初平三年六月，吕布军中叛徒引李傕、郭汜入城，吕布率数百骑冲出长安，王允身死。
李傕等人攻陷长安，俘获天子。
他们威逼当朝皇帝，加封李傕为车骑将军、开府、领司隶校尉、假节、池阳侯；郭汜为后将军、美阳。
樊稠为右将军、万年侯；张济被封为镇东将军、平阳侯，外出屯驻在弘农。又以贾诩为左冯翊。
自此以后，李傕、郭汜把持朝政，欺凌幼帝。他们的所作所为，丝毫不下于当时的董卓。
大汉再次经此浩劫，汉室越加威严扫地。
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