有这些朝中重臣参与审理，加之那纥干承基出来做证人，李承乾谋反一案审理得异常的迅速。到四月末的时候，已经确定，李承乾极其同党，图谋造反，其准备工作已经完成，就等待着一个恰当的机会。
这几位重臣在审理完此案之后，同样交上去一份长长的奏章，上面详细的记述了李承乾谋反一案的始末。
朝会之上，李世民草草看了一眼这份奏章，便搁在一边，向众大臣问道：“卿等且说说，当如何处置此逆子？”
众大臣互相看了一眼，皆是默默不作声。就连那些负责审理李承乾谋反一案的重臣同样如此。李世民见状，轻笑一声：“你们有话就直说，不要藏着掖着！”
众大臣心里顿时腹诽了一下，若是自己说处死李承乾，恐怕陛下你心头会暗生怨恨！
沉默半天，那同事舍人来济出列道：“陛下，臣以为处置太子也倒是简单。只要陛下不失为慈父，太子得尽天年，则善矣！”
这来济乃是前隋大将来护儿之子。
听得来济这般说，李世民沉吟片刻，点点头，下诏令废太子李承乾为庶人，流徙于黔中。
至于其余李承乾同党，李世民本来欲免去汉王李元昌的死罪。但是不知者李元昌到底是得罪了谁，朝堂之上，尽是一片反对之声。李世民只好赐死李元昌于家中。李元昌虽死，但是，其母、妻、子皆得到了李世民的宽宥。
而那侯君集，李世民也是非常想宽恕他，还向朝臣问道：“君集有功，欲乞其生，可乎？”然而这侯君集和李元昌一样，恐怕是得罪的朝臣太多，竟然没有一个朝臣出来说可以，皆说谋反之罪，罪大恶极，理当处死之类的话语。于是，李世民只好下令将侯君集斩之于市前。临刑之前，李世民对侯君集道：“今乃与公长决矣！”侯君集也长跪在地，重重的一叩首。
在行刑之前，侯君集对那监斩官说道：“君集蹉跌至此！然事陛下于籓邸，击取二国，乞全一子以奉祭祀！”却是在乞求李世民不要株连其家小。
监斩官将此事禀报李世民，李世民长叹一声，同意了，只是将侯君集家中妻小尽数流徙岭南。在查抄侯君集家中的时候，负责查抄的官员查抄处两个美人来。据说这两个美人从小便是食人乳长大，从未吃过饭菜。这侯君集的奢靡可见一斑。
这侯君集老早以前便心头存有不良的想法。当初李世民令李靖教授侯君集兵法，他在学了一段时间之后，便对李世民道：“李靖将要造反！”李世民连忙问其原因。侯君集道：“李靖教授兵法，教臣以其粗而匿其精，所以臣以为他将要造反！”李世民将李靖找来，询问起此事，李靖答道：“此乃是侯君集将要造反！今诸夏已定，臣之所教，足以制四夷，而君集仍旧求尽臣之术，这不是为了造反，还是为了什么？”
不光光是李靖，江夏王李道宗也曾经对李世民说道：“君集志大而智小，自负微功，耻在房玄龄、李靖之下，虽为吏部尚书，未满其志。以臣观之，必将为乱！”李世民却道：“君集材器，亦何施不可！朕岂惜重位，但次第未至耳，岂可亿度，妄生猜贰邪？”等到如今侯君集真的造反了，李世民对李道宗道：“果然如同爱卿所言！”
除了这二人之外，其余同谋者，尽数被处死。
至此，这场太子谋反案便是尚未发动之时便被破了。
在不到半年的时间里，连续发生了齐王李佑谋反案和太子李承乾谋反案两桩谋反案。而且这两桩谋反案的领头人还是自己的儿子，可以想象此事对李世民的打击有多大。
所以，李世民病倒了。经过几天的救治和调养，终于缓缓康复，剩下的只要继续调养，则李世民的病将会有所好转。
而在李世民生病期间，一个胖胖的身影几乎每日都在往皇宫里跑。这便是魏王李泰。
当听到李承乾欲图造反的消息之后，这位魏王殿下欣喜若狂，想不到不等自己打到李承乾，夺取东宫之位，这位大哥便自己将东宫的位置让了出来。李泰知道，自己的机会来了，所以天天往皇宫里面跑，就是等着李世民说出立他当太子的话语来。
功夫不负有心人，连续十多天悉心照顾生病的李世民，让李世民心头感受到阵阵温暖。于是李世民对李泰好感飞速上涨，甚至当着他的面还说过立他当太子的话语来。
李泰听了，连走路都有些飘飘然了。回到府中冷静思索了一下，李泰觉得李世民的承诺并不可靠，还要继续加把火才对！于是他派人暗地里给刘洎、岑文本等人送去了书信。
第二日，在这两人带头之下，李泰一系的大臣纷纷出言，请求立李泰为太子。
刘洎道：“遍观诸位殿下，为魏王泰年长沉稳，机敏睿智，博学多闻，更有编撰《括地志》之不世之功，若是立起为太子，定能使得大唐江山，传承万年！”
然而这些人一个个刚刚跳出来，长孙无忌便出列，请求立晋王李治为新的太子。长孙无忌说道：“老臣以为刘大人之言虽有些道理，但是臣还是以为魏王泰不适合继承东宫之位！一则嘛，魏王好文治，然而我大唐今日江山，皆是一刀一枪打出来的，所以老臣心头有些担心。再者，魏王窥视东宫之位，众人皆知，若是陛下使其入主东宫，岂不是给后人留下一个印象，凡东宫之位，皆可以以手段夺取！所以老臣不赞成魏王入主东宫，倒是愿意看到晋王治入主东宫！”
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