诸多细节已难以考据，真相自然也无法具体化。但大背景仍然是清晰的，在这一年，乾日两国的民众感情显然极不和谐——日本自维新之后，一意谋求扩张。先是欲图吞并乾国藩属琉球，本已激发了乾国民众的愤慨；随后尝试侵略苔湾，又引发了乾国东征日本的舆论；中法因越南交涉期间日本故技重施，又欲将势力扩展到乾国传统藩属朝鲜，再度撩拨乾国民众情绪……而按照当时日本民众的逻辑，乾国先是阻止其对琉球的占有，又阻碍其势力东扩苔湾朝鲜，则实为日本自强之路上的绊脚石。
这种不和谐是有据可查的。明治十一年（西协9078年），乾国驻长崎首任领事到任，日方报媒便绘声绘色的描述：“当地乾国人不断向其诉苦告状。日本警察在盘查登记证（牌）时，态度恶劣，乾国人对此非常反感。据说领事到任不久，就在路上受到了警察的侮辱性对待，他立即提出了抗议。”当时乾国军舰进入长崎港维护，但在日本民众眼里：“乾国军舰开进长崎港，名义上是为了对军舰进行维修护理，以便继续开往仁川；但实际上，这还是一次示威活动，借此机会炫耀优势的海军力量。对于乾国舰队来长崎，日本国民就是这么看的。”因为有了这样的先入为主，所以，东京市民对上岸的乾国水兵有如此印象也不足为奇：“乾国人在举止上也是旁若无人，特别是上岸水兵之类的人，依仗本国的海军优势，简直是横着身子走路，遇到日本警察也决不让路，结果警察只好给他们让路。”
尽管日本民间怨气甚大，并在双方谈判期间举行了示威游行，向乾国抗议，但最终日本政府还是慑服于强大的乾国海军舰队，积极的表示愿意“以维护两国和平友好为主旨”，“妥善解决此事”，随后德国公使何理本提议，以“伤多恤重”的原则，双方互相进行赔偿，而追责凶手一事，则因“现场混乱，证据缺失，难以详查”，听凭双方自便。
虽然对德国公使的提议不是很满意，但乾国方面也表示，“为两国交好之故”，同意互赔，追责双方自便，但提出了附加的条件，即“浪人为非法武装之日民，故意寻衅，以刀棍参与斗殴”，故在互相赔偿损失这一项中，乾方“只赔警众，不赔浪人”，“且自斯日起，日警一概不许携带刀剑”。
乾国方面的谈判代表伍廷芳指出：“日本政府‘废刀令’已下多年，浪人仍以武士自居，带刀任行，凌驾平民之上，日本政府难辞其咎”，并举前不久发生的日本警察津田三藏以刀砍伤俄国皇太子为例，“以日本刀剑之害，不绝于斯，前酿大戾，今又生血案”，要求日本政府彻底执行“废刀令”，“无论警民，皆不许带刀”，“警士巡街，只许携带竹木棍棒，严禁携带刀剑”。
面对乾方的意见，日本方面进行了多日讨论，很多日本官员认为乾方的附加条件是无理要求，应该拒绝，如森有礼声言“我国万一采取如此让步政策，则乾帝国将作何感想？恐将看作为威胁吓倒，苦于抑制，终于屈服，而愈助长其轻侮我国之念”。井上馨则认为日本现在别无选择，只能接受，因为“日本现在并没有一支可以敌得住乾国舰队的海军。”
在这种情况下，日本明治天皇举行了御前会议，商讨善后事宜，会议由天皇亲自主持，参会者有首相伊藤博文，外交大臣松方正义，陆军大臣山县有朋，海军大臣夏本武扬，大藏大臣大隈重信，以及井上馨、森有礼、青木周藏和陆奥宗光等人，会议进行了五个小时，最终天皇决定接受乾国方面的附加条件，了解此次事件。
在会议结束后，日本方面立刻由井上馨向乾国驻日本公使徐承祖和海军提督丁禹廷通报了日本方面的决定，然后由丁禹廷下令解除战备，井上馨和徐承祖就双方赔偿金额展开谈判，签定“善后协定”，约定双方士官一人赔偿6000日元，士兵一名赔偿4500日元，伤残一名赔偿2500日元，乾方死士官1名，水兵7名，伤残水兵36名，陆战队员9名，日方赔偿乾方计150000日元，乾方水兵住院医疗费用20000日元由日方支付。日方死警官3人，巡警16人，伤残巡警24人，由于死伤的日本浪人不在赔偿范围之内，是以乾方赔偿日方计150000日元，双方赔偿数额相同，可以相抵，日方只需额外支付医疗费用20000日元即可。至于是否拿凶惩办，则由双方政府自行决定，互不干涉。而当天日本政府发布命令：“自即日起，日本全国之警察，一律不准配刀。”
“水兵事件”对乾日两国的关系影响深远，就乾国而言，此次谈判的获胜，似乎再次印证了“圣朝上国”的神威，强化和固定了长期以来存在于朝野士庶思想中的对日优越感，“蕞尔小国”不足为虑，成为了整体的民族心理。“丁酉战争”爆发之初，充斥朝野的“速战论”、“奇攻论”，实际上就是此种民族心理的典型体现。此次事件之后，乾国上下陶醉于对日外交的胜利之中，盲目自大的心理急剧膨胀，无论是在朝鲜半岛上的交锋，还是乾日两国的直接面对，乾国政府均表现出了一种对日本不屑一顾的自大心理，没有能够认清日益迫近的危险，也没有能够认清日本的“韬光养晦”之计，从而放缓了曾经卓有成效的海防建设。
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