从这段马家人的讲述就能够知道，马新贻对自己的升官非但没有任何喜悦，反而颇感忧虑，这是为什么呢？
岛津洋子研究了当时的形势后得知，其实圣平天国之乱的平定，大乾朝廷完全仰赖曾伯函的湘军集团效死作战，倘若没有湘军，大乾帝国也许早已倾覆，本来两江地区就是由湘军血战得来，此前曾伯函总督两江自然是理所当然，倘若换人，也理应由湘军系统内的人接任，如曾伯函的弟弟曾伯恒便是理想人选，但如今却换成了一个外人。湘军在那里经营了数年，对于不属于自己人的马新贻，自然无法心服，而且对两江总督这一肥缺拱手让人，心有不甘。无怪乎当时李绍泉曾说：“若七年秋不妄更动，或谷山（指马新贻）僻在海滨，竟免斯厄。每读负乘致寇之语，不禁瞿然。江介伏莽最多，非权极重，不足销无形之隐匿也。”表明他担心马新贻无法镇住两江。这也是马新贻虽然高升两江总督，内心却大为不安的原因，也是岛津洋子推测马新贻可能为湘军集团所杀的一个重要根据。毕竟他就任的地方，有股庞大的势力对他不怀好意，而且仁曦太后所秘密交给他的任务，势必又会得罪这股势力。
此外，尤其令仁曦太后不安的是，在平定叛乱的这十几年来，湘军的扩张迅速，圣平天国失败后，当时民间就有传言曾伯函有野心，而他的部下也早就怂恿他谋取帝位。在圣平天国尚未被剿灭时，朝廷不得不倚重湘军，但是如今圣平天国已经被剿灭，仁曦太后已经不可能容忍曾伯函在江南坐大，于是她想方设法把曾伯函调离势力范围两江，接着开始整肃湘军，首先指责其统帅曾伯恒抢掠太过，而且未能有效约束部下，导致湘军军纪败坏，继而便开始裁撤湘军。
但是湘军的裁撤很快便形成了严重的社会问题，军人走投无路，浪迹各地，触目皆是；而许多帮会如天地会、哥老会也就趁机扩充势力，失意军人相继加入，以团结谋求生存，这批人心怀不满，自然是一致的，而且成了社会的一大公害。孙衣言在给马新贻立的“神道碑”中说：“自洪火秀以奸民乱天下，用兵十年，仅乃戡定，而人心逐益不靖，贼徒跳免，武夫悍卒流落，含毒睢盱，往往窃发，大官便文自营，率不肯穷治，民益无所惩畏，内自辇毂，外洎通都大邑，怀白刃入官寺，狙杀长吏，岁或再三作。”确实是当时社会问题的写照。
对待这一问题，曾伯函与马新贻的政治方略是截然不同的，曾伯函为政从宽，马新贻为政从严，故孙衣言在“神道碑铭”中又说：“初大学士曾公既已兵定东南，遂欲与民更治，卵翼涵呴，一切治以阔略。及公继之，则务引绳墨为综核，盗贼得，立卽诛死。小人固多不便。”两人宽猛作风的不同，相形之下，马新贻自然成为众所怨怼的对象。比如他在惩治散兵游勇时非常严厉，尤其是他任命以剽悍著称的袁保庆为营务处总管，抓到危害百姓、有非法行为的散兵游勇，就地正法，故散兵游勇对他恨之入骨。其它例子如彤郅八年六月十五日，湘军鼎字营为了索饷在韩庄叛变，马新贻一边迅速“查出滋事勇丁鲁万隆等五人，立即正法。”随后又借机将鼎字营分批全数遣散，如此一来，又不知得罪了多少湘军兵勇。
马新贻自己也曾在《招垦荒田酌议办理章程折》中说：“游兵散勇，大抵皆无籍之途，久在军营，桀骜难驯，虽已撤散为民，情性不能遽改，人皆望之生畏，且素不务农，耕耨非其所长，若令兵民相处，气类不同，安望浃洽，难保不激成事端，兵勇垦荒之议断不可行。”这也使的那些被裁撤的湘军恨透了他，因为马新贻断了他们一条生路。长此以往，积怨总有爆发的一天。马新贻生前也曾对这种情势感到忧虑，所以孙衣言曾说：“端敏公虞楚军不可独用，奏调怀北旧部，招标兵三千，置营金陵教练之。”一方面将湘军裁存两营，一方面调淮军驻防各地，并将省城的防卫交予新兵营，新兵营有六个营约3000人，这些布置并非无因而发，马新贻本身亦明白湘军对他心怀怨恨，故作此部属。
另外，岛津洋子认为，马新贻所担任的两江总督一职本身也容易引起湘军集团的忌惮和敌视。
大乾帝国自建立以来就设有总督一职，凡文职道府以下，武职副将以下，都由总督奏请任免，可谓封疆大吏。圣平天国之乱以前，大乾朝廷都讲究乾纲独断，全隆皇帝就说过：“朕以为本朝纪纲整肃，无名臣亦无奸臣，何则，乾纲在上，不致朝廷有名臣、奸臣，亦社稷之福尔。”在这样的情况下，总督虽有封疆大吏之名，但无其实。然而一场持续十四年之久的圣平天国之乱改变了这一切，为了镇压圣平天国大乾朝廷不得不利用地方督抚，如曾伯函、胡林义、左季皋、李绍泉等人和他们手中的湘、淮军。但在这一长达十四年之久的战争过程中，很大一部份原属于中央政府的权力包括军权、财政权等均落入地方督抚之手，地方权力开始扩大。湘淮系的督抚也经常保持在十人以上，此时湘、淮两军可谓“偏、裨皆可督抚”。
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