而这份被称为《北京专约》（又称《北京专条》、《乾日北京专条》、《苔湾事件专约》或《苔事北京专约》）的条约的签定，宣告了“乾日甲戌战争”的正式结束。
《北京专约》的主要内容为：
（一） 乾国此次出兵，是为保民义举，驱除贼徒，日本不指以为不是；日本此次出兵，乃“贼徒暴走”，非日本政府意愿，乾国亦不指日本政府为不是。
（二）日本政府驭军不严，为害苔湾甚重，本应赔偿乾国，而乾国未能约束苔地番民，致使日民被屠，亦有不是，日本国从前被害难民之家，即小田县船民者，非琉球之民，乾国准另给银抚恤。双方议定互相抵偿，具体金额及相互支付，另有议办之据。
（三）所有关于苔事之两国一切来往公文，彼此撤回注销，永作罢论。至于该处生番，乾国自宜设法，妥为约束，以期永保航客，不能再受凶害。
（四）琉球为乾国之属国，归乾国保护，日本欲与琉球通商，须与琉球另订条约，经乾国议准施行。
平心而论，伊藤博文认为，《北京专约》对日本来说，条件并不苛刻，根本算不上是什么屈辱的不平等条约，日本既没有被迫割让土地和权益，也没有付出赔款，历经一个多月的艰苦谈判，能够争取到这个结果，伊藤博文其实是相当欣慰的。
但在那些整日里叫嚣“富国强兵”、“开拓万里波涛”的爱国人士看来，《北京专约》却是一个卖国条约，因为在这份条约里，日本重新又承认了琉球是乾国的属国的地位，将原本吞并的琉球，又重新吐了出来。
在《北京专约》当中，最让日本朝野上下诟病的，便是关于琉球的问题。
明治五年天皇以日本“王政一新”的名义，要求琉球遣使赴东京庆贺。同时庆贺使臣中不能有乾国人的后裔和亲乾派人士。琉球国王尚泰因此遣尚健、向有恒前往东京庆贺。明治天皇召见了使臣后，颁布了诏书，改琉球国为琉球藩，并册封尚泰为藩王，正式侵占琉球（第一次琉球处分）。琉球国王尚泰派人向乾国求救，其时俄国占据乾国边疆重镇伊犁，两国关系十分紧张，战事一触即发。俄国扬言要派军舰袭击乾国海岸和港口，乾国海军当时无法抵抗，在这种情况下，乾国政府认为没有能力帮助琉球国王复国，是以没有采取任何行动，但对日本并吞琉球的事实，却一直拒绝承认。
但这一次，因为西乡从道出兵苔湾的冒险行动的失败，乾国船政水师在歼灭了日本海军主力之后，为了在谈判桌上对日本施加压力，直接驶往琉球，全歼在琉的日本军警，恢复了琉球王国。乾国方面特意在《北京专约》当中确定琉球的地位问题，等于不但夺回了琉球，还大大羞辱了日本。尽管在条约当中，乾国依然称琉球为“属国”，属国这个词仍然属于乾国传统的宗藩观念体系，不被当时的国际法所认可，但条约当中明确说明琉球“归乾国保护”，用国际法的观念来说，琉球便不再是“属国”，而是乾国的“被保护国”，乾国是琉球的“保护国”。这意味着乾国的传统观念已经在发生着悄悄的改变，不再被既通晓“天下观”又擅于“世界观”的日本玩弄于掌股之间。这怎么能不令日本的“爱国人士”们恼恨欲死呢！
而大久保利通拒绝在条约上签字，也正是为此。
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