周士相没有回南都，而是在镇江养伤。之前他为了安定军心强撑上马，导致腿伤加重，腿骨也有些移位，故渡江之后，在郎中们的劝阻下，周士相只得暂在镇江休养，免得因颠簸导致右腿落下终生残疾。他没有住在镇江城中，而是选择在镇江北固山上的甘露寺休养。
离开扬州前，周士相颁令委任葛义为江淮经略使，同时组建江北军。
江北军是太平军自讨安南远征军之后的又一个固定军团编制，军团下辖三步兵镇、一骑兵镇。步兵镇于原有三旅编制再新设一炮兵营，每镇有兵10020人。三镇由原第一镇、第三镇丙旅、第十三镇改编扩充而成。其中第一镇军官老卒3500人，补降兵6000余；第三镇丙旅军官老卒900余人，又从第二镇抽调千余官兵，新补降兵六千余人；第十三镇则补4000余降兵。三镇总计补入降兵一万七千人。
补充兵源都是渡江以来在历次战斗中被俘及投降的清军，以绿营和汉军为主。对于降军处置，周士相依如从前要求，严令将不领兵，兵不归将，即原先的清军各级军官（把总以上）全部押到南京及镇江，不能直领本兵于太平军中任职。士兵则分散补入各镇，先由各镇安军使组织进行思想改造，并进行为期十五天的入营训练，之后再由各镇统一分发至卫、队。
押到南京和镇江的清军中高级将领，则进入军事改造班学习，视其能及表现斟酌使用。对于犯下过屠城罪刑的清将（千总以上），且不是反正而是被迫投降的，周士相给下面的意见是一律明正典刑，不得纵容宽大。对于主动反正的清将，周士相给出的意见是愿卸甲者，给予钱财补助，许其归乡。仍愿于军中效命的，则按原官降级使用。降级标准以其反正所立功劳大小定。
如淮安参将陆如龙因反正有功，现安排为江北军第三镇千户，兀儿特、功间色、岳得济等反正两白旗将领则给予北地总兵以下官职（代领），伺将来大军北上收复这些地方后，则予以实领。只因受于形势不得不反正，反正之后寸功未立者，如扬州城中一干汉军绿营将校，则斟酌使用。
补充完毕的第一镇改称江北军第一镇，驻地扬州，镇将由原第十五镇镇将齐豪接任；第三镇丙旅改称江北军第二镇，镇将由原第一镇副将朱庆来升任；第十三镇原先是由从广西招募的狼兵子弟组成，现改称为江北军第三镇，镇将尚可远是清平南藩下旧将；骑兵镇是由反正的两白旗满兵加被俘投降的蒙军、太平军老骑兵数百人组成，共计四千余人，称骑兵第二镇，镇将由新三镇的邵成国接任。
江北军组建补充完毕后，即向北面的高邮、宝应进军，兵锋直进淮安府，然后驻兵徐州一带，若有可能，江北军将夺取徐州这座五省通衢之地，同时用兵江南左（安徽），在淮扬之地建立稳固防线和前进支点，此谓守江必守淮矣。
降兵补入各镇后，也新定了降兵等级制。即以其投降时间为准，将每批降兵定级，然后结合战场表现、战功多少晋升提拔。对于补充降兵过多的镇，除安军使这一块外，大抵遵循的是“先降兵管后降兵”的原则，通过这种“先降管后降”的手段，使降兵之间形成等级制，从而削弱降兵有可能存的抱团抵触，也方便对于降兵的管治训练。
有人戏称这种手段和满州人的八旗制度很相似，只不过满州压蒙古，蒙古压汉军变成了太平军官兵压先降兵，先降兵再压后降兵。本质上一样，名目不同，换汤不换药，理糙但效果却佳。
事实证明，大量早期就被俘及投降的清军降兵一旦获得了太平军给他们的管治权，立时就变得对太平军无比忠诚，他们乐意在那些刚被押入营中的俘虏面前“展示”自己的存在，对于违反了太平军条例命令的“后降兵”们，这些“先降兵”恨不得群起攻之。而一旦有“后降兵”表现出了对太平军或“先降兵”们的某种敌意，往往不用军官和安军使们出面，这些“后降兵”就会遭到“先降兵”的教训，轻则体罚，重则打死。
因为安军使的制度只在草创，并未成熟，且缺乏足够的人材担任，周士相也没有足够的时间去完善这件事，故而太平军事实上是向着他不愿看到的一面转进，那就是军国等级化，而非他一早设想的官兵一体化。军国等级化的最严重后果就是军中存在大量私刑，用后世的话说便是极无人权。这重点表现在新补入的降兵身上，在军官和先降兵的层层压治下，这些后降兵的境遇和从前为清军时并无多大区别。
因为不断战斗，不断伤亡，周士相早期在广东举办的安军使培训班出来的安军使阵亡了三分之二，现在的安军使很多都是由军官提任，除了知道有一本安军手册外，便对什么是安军使，安军使的任务是什么一无所知。每到战斗，这些安军使也大多和从前一样拔刀呼喊冲锋，浑然不知自己究竟要做什么。更让周士相头疼的是，这些新任安军使们几乎是百分百的不识字，所以想要指望这帮大字不识的安军使将太平军改造成一支“官兵一体”的人民军队，简直是痴心妄想。
对这个现状，周士相也很无奈，随着太平军这颗雪球的越滚越大，他发现自己将来统带的将是一支典型的古代军队，而想要改变这个事实，他要做的还很多，可谓任重道远。甚至于他的有生之年都不一定能将太平军改造成功，因为除他之外，他部下的每一个人，无论是高级将领还是普通士兵，他们都是这个时代的原生土著。他可以通过他的强势推行他的政治理念，带领部下们去复仇，去中兴汉家江山，但他不可能通过他的强势将部下们彻底改造成几百年后的人。
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