虽然幕府做了最大的努力，但是舰只还是主要靠从外国购买，除向荷兰定购外，向美国定购了“富士山”号，向俄国定购了“回天”号，向法国定购了“甲铁”号（即后来的“东”号）等。就这样，在幕府一门心思的发展海军之下，短短15年间，就拥有了洋式军舰45艘。横须贺制铁所也是在这时开办起来的。而由于开放所带来的国外贸易的迅速发展，导致国内矛盾激化，最终发展成为了讨幕运动。虽然旧的幕府垮台了，新的明治政权诞生了，但因为西乡隆盛、胜海舟等人的远见卓识，避免了毁灭性的破坏。军舰和海军设施及海防思想等几乎都完好无损地被明治政府继承下来。
内战并没有完全结束，刚刚平定了北陆奥羽，1868年8月，原幕府海军副总裁榎本武扬伙同大鸟圭介，板仓胜静，松平定敬等率领留给幕府的4艘军舰“开阳”号、“回天”号、“幡龙”号和“千代田”号及4艘运输船，偷偷开往函馆，占据五陵郭，举起了叛旗。为了平叛，新政府兴师讨伐。但光靠这些战舰是不够的，日本政府随后又征调了鹿儿岛藩的“春日”号，山口藩的“第一丁卯”号，秋田藩的“阳春”号，广岛藩的“丰安”号，德岛藩的“戊辰”号，久留米藩的“晨风”号协同政府军的“甲铁”号、“朝阳”号，“飞龙”号等舰只，配合陆军作战。
“甲铁”是日本海军的第一艘铁甲舰。1864年在法国波尔多建造，排水量1358吨，拥有一门11英寸（280毫米）阿姆斯特朗滑膛炮和2门5英寸（127毫米）阿姆斯特朗炮，以及2门6磅炮和2门4磅炮，在当时是一艘强大而且几乎不会被击沉的军舰，其装甲防御能力能承受当时的炮弹直接命中而不会有太大破损，其转动良好的炮台能击败任何一艘木制舰船。
该舰在美国邦联、法国、丹麦之间几次转手，最后在1867年以40万美元的价格出售给日本德川幕府，于1868年5月到达日本。此时日本正在戊辰内战中，西方实行局外中立，美国公使将其扣留在横滨港。旧幕府和新政府的海军都是木制军舰，所以谁得到这艘铁甲舰，谁的海军力量就会取得压倒性的优势。因此盘踞东北的幕府残余势力和明治政府都想得到这艘船。1869年2月，倒幕战争胜负已分，明治政府胜利在即，要求西方废止局外中立。1869年3月15日，该舰移交给日本，改名为“甲铁”舰。由于有“甲铁”的加入，双方海军力量发生逆转，不久叛乱即被平定。“甲铁”后于1871年改名为“东”号，成为日本海军的主力。
从那时起，日本海军便意识到了铁甲舰的重要性，随后又从英国阿伯丁造船厂购进了一艘2850吨的小型铁甲舰“龙骧”号。和“东”号相比，拥有2门6.5英寸（165毫米）和10门5.5英寸（140毫米）的“龙骧”号火力更为强大。这两艘铁甲舰共同购成了日本海军的主力。
而正如西乡从道所说，中国海军的起步比日本要晚些，虽然隐隐有后来居上之势。但现在，中国海军最强大的军舰，也不过是2000吨左右的“威远”级快速炮舰和从英国购买（其实是赠送）的“和硕公主”号巡洋舰。这些军舰都是铁肋木壳的无防护军舰，火力可以和日本的两艘铁甲舰相当，但防护力是绝对比不上的！
“我明白西乡君的意思了。”伊藤博文道，“可是西乡君，你认为日本能从这场战争中得到什么？赔款还是土地？”
“土地！”西乡从道胸有成竹的大声回答道，“也就是台湾岛的生番们所占有的土地！那是清国政府管辖不到的地方，它们将全部成为帝国的殖民地！”
“清国会这么容易放弃那些土地？西乡君？”伊藤博文问道，“台湾可不是琉球！”
“可是清国政府自己说了，那里的生番他们是管不到的！这是我们最好的机会！”西乡从道大叫起来，“等清国政府意识到了他们犯下的错误，我们再行动就来不及了！”
“西乡君果然是‘少将之才’。”伊藤博文见无法说动西乡从道，发出了一声深深的叹息。
听到这句话，已经是陆军中将的西乡从道眼中再次现出怒火，但慑于此行的目的和伊藤博文的威望，强忍怒气没有发作。
这个“少将之才”的典故来自明治维新初年，当时大村益次郎被刺身亡，山县有朋作了兵部大辅。山县有朋一日问西乡从道的哥哥西乡隆盛：“你弟弟从道的才能大概是什么水准？”西乡隆盛则随口回答说：“他可以做少将。”
不久，兵部下文，任命西乡从道为陆军少将。西乡隆盛听说消息后大吃一惊，说：“我说从道可以做少将，是说他经过学习提高，将来能达到的水平！”这件事传出后，一直在日本陆军当中引为笑谈。
而伊藤博文刚才说出那样的话，就是在讥讽西乡从道志大才疏又不听劝阻。
“西乡君想要开拓台湾，我帮不上什么忙，只能提供给你一些有用的消息了。”伊藤博文注意到了西乡从道脸上的怒气，微微一笑，说道。
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